黑木耳还可作药用。历代医学家对于黑木耳的药效都有详细的记载，如明代李时珍在《本草纲目》中记载："木耳生于朽木之上，性甘平，主治益气不饥，轻身强志，并有治疗痔疮、血痢下血等作用。"我国医学历来认为黑木耳有滋润强壮，清肺益气，补血活血，镇静止痛等功效。是中医用来治疗腰腿疼痛，手足抽筋麻木，痔疮出血和产后虚弱等病症常用的配方药物。据国外报道，黑木耳能减低血液凝块，缓和冠状动脉粥样硬化，对预防和治疗冠心病有特殊的效益。黑木耳所含的多糖类物质，具有一定抗肿瘤作用，据报道对小白鼠肉瘤180的抑制率为42.6%。我国民间也有用黑木耳加水煎服，来治疗妇女子宫颈癌和阴道癌。

小兴安岭黑木耳不但肉质细腻，脆滑爽口而且营养丰富，含有蛋白质、脂肪、碳水化合物和多种维生素与无机盐，黑木耳所含的营养物质，有的明显高于其它食物，它的蛋白质的含量相当于肉类，它的维生素B2含量超过米、面、蔬菜和肉类，铁的含量比肉类高100倍，钙的含量是肉类的30-70倍，它还含有磷和硫等构成人体细胞原生质的主要成份。由于黑木耳所含各种营养完善而丰富，被誉为"素中之荤"。

研究发现，黑木耳具有化解体内结石的功效。这主要是因为黑木耳中所含有的发酵素和植物碱，能够有效的促进消化道和泌尿道内各种腺体的分泌，并催化体内结石、润滑管道、促使结石排出。因此，专家建议，对于患有体内结石的病人，不妨每天有意识地吃上1－2次的黑木耳。这样，不但可以缓解病人的疼痛、恶心及呕吐等症状，甚至还可以使人体内的许多结石自然消失。

此外，黑木耳中所含有的多种矿物质元素还能使体内的各种结石产生化学反应，剥脱，瓦解，不断脱屑缩小，然后再经管道排出。另外，黑木耳中还含有较多量的具有清洁血液和解毒功效的生物化学物质，有利于人体健康。

鲜木耳含有毒素，不可食用。黑木耳有活血抗凝的作用，有出血性疾病的人不宜食用。孕妇不宜多吃。

另外：木耳营养丰富，但如泡发不当，则会又硬又小，既不出数，又不可口。如果用烧开的米汤浸泡，泡发的木耳肥大，松软，味道鲜美。

性味功能：甘、平，无毒。入胃、肝、大肠经，能补气血， 血止血，润肺益胃，润燥利肠，舒筋活络，轻身强志。治疗血虚气亏、四肢抽搦、肺虚咳嗽、咯血、吐血、衄血、产后虚弱、白带过多、崩漏、血痢、肠风痔血、便秘和跌打损伤等症